Drie jaar na de fusie (2000) splitste Semper Foods zich af en bleef Semper AB over als onafhankelijke dochteronderneming van Arla.

In een paar drukke jaren nam Hero in 2001 het populaire Portugese premiummerk Casa de Mateus over en betrad het in 2002 de Turkse markt als joint venture met Ülker met de merknaam Hero Baby. In datzelfde jaar verwierf Hero een meerderheidsbelang in Schwartau en betrad het de Zwitserse markt voor babyvoeding door de merken Adapta en Galactina van Wander over te nemen. Het bedrijf breidde ook uit naar Oost-Europa door de aankoop van het merk Sunar in Tsjechië en Slowakije.

Na 90 jaar gaat Hero failliet en verlaat de beurs in 2003. De voedingsactiviteiten van Semper worden verkocht aan Novartis. Triton neemt Semper over en richt zich op kindervoeding en glutenvrije voeding. In mei 2004 vestigt Hero zich met een team van 30 mensen in Tsjechië en Slowakije.

In 2005 nam Hero Beech-Nut en Vitrac over, waarmee het cluster Hero Middle East & Africa werd opgericht. Semper kwam in 2006 bij de Groep, een deal die ook Juvela omvatte.

Het vergaren van kennis op het gebied van kindervoeding leidde in 2006 tot de oprichting van het Instituut voor Kindervoeding in Alcantarilla en een innovatie- en kwaliteitscentrum in Schwartau in Duitsland.

Hero neemt in 2007 het merk Friso (nu Hero Baby) over van Friesland Foods en breidt uit naar de Russische en Belgische markt via een licentieovereenkomst met Blédina. Semper opent twee dochterondernemingen in Noorwegen en Finland en twee jaar later nog een in Denemarken. De wereldwijde babyvoedingslijn Hero Baby wordt door Hero MEA in Egypte geïntroduceerd en verovert al snel een groot aandeel in de Egyptische en regionale markten.

In 2008 betrad Hero de sector biologische babyvoeding in het Verenigd Koninkrijk door de overname van Organix. Hero Rusland werd dat jaar als organisatie opgericht en nam de distributieactiviteiten over die eind jaren negentig waren begonnen. In 2009 werd een nieuwe babyvoedingsfabriek geopend in Ankara, Turkije, als onderdeel van de joint venture tussen Hero en Ülker.

In 2010 koopt Semper in Korsnäs een knäckebrödfabriek en verandert deze in een glutenvrije bakkerij. In datzelfde jaar verkoopt Schwartau zijn bakkerij- en decoratieafdeling aan de Dr. August Oetker Group in Bielefeld om zich op zijn kernactiviteiten te concentreren.

De bouw van het nieuwe hoofdkantoor en de nieuwe fabriek van de Hero Group in Lenzburg werd in 2011 voltooid, precies op tijd voor het 125-jarig bestaan van de onderneming . Voorheen had het bedrijf zijn productiefaciliteiten en kantoren pal naast het treinstation van Lenzburg.

In 2012 verhuisde Kiviks Marknad (Hero Brazilië) naar een nieuw hoofdkantoor in Itatiba. Toen Hero Spanje in 2012 zijn 90-ste verjaardag vierde, werd de Nederlander Rob Versloot benoemd tot CEO van de Hero Group. Deze functie bekleedt hij vandaag de dag nog steeds.

In 2015 werd de JV tussen Ülker en Hero beëindigd, waarbij Hero 100% van de aandelen verwierf en zijn positie in het land verstevigde. In december ging de Hero Group een joint venture aan met Kiviks Marknad en veranderde de bedrijfsnaam in Hero Brazil.

Na een afwezigheid van 10 jaar herlanceerde Hero Portugal het merk Hero Baby in 2015, op hetzelfde moment dat Hero Spanje de 30-ste verjaardag vierde sinds de lancering van hetzelfde merk.

Leopold Oetker, zoon van erevoorzitter en hoofdaandeelhouder Dr. Arend Oetker, is benoemd tot lid van de Raad van Bestuur van Hero, waardoor de betrokkenheid van de familie bij de onderneming in 2016 verder is versterkt.

Een grote investering, bekend als het Triple One Project, wordt in 2018 gedaan in de productiefaciliteit voor zuigelingenvoeding in Götene, Zweden. Ondertussen gaan Hero en het Duitse biologische baby- en opvolgmelk erdbär GmbH een strategisch partnerschap aan, waardoor de Hero Group de belangrijke Duitse markt kan betreden met baby- en opvolgmelk, een van haar kerncategorieën.

Dr. Hasso Kaempfe treedt in 2019 terug als voorzitter van de Raad van Bestuur van Hero Group. Zijn opvolger is Giovanni Ciserani, een voormalig P&G-topman. Ook Margaret Versteden, CEO bij bol.com, wordt benoemd in het bestuur. Dit is ook een jubileumjaar, met Semper dat 80 jaar bestaat sinds de oprichting en Schwartau dat 120 jaar bestaat.

In 2020 gaat Hero een partnerschap aan met de Italiaanse Angellini Group om het babyvoedingsbedrijf MadreNatura te vormen, dat de Italiaanse markt voor baby- en opvolgmelk betreedt. Na een complex en langdurig proces behaalt de Hero Group de certificering om in zijn Spaanse vestiging biologische producten voor de Chinese markt te produceren.

Begin 2021 nam de Hero Group een meerderheidsbelang in het Canadese biologische baby- en opvolgmelk Baby Gourmet. Een jaar later werd het Britse glutenvrije bedrijf Juvela van de groep verkocht.