Tres años después de la fusión (2000), Semper Foods se separó, dejando a Semper AB como filial independiente de Arla.

En unos años de gran actividad, Hero adquirió la popular marca portuguesa premium Casa de Mateus en 2001 y entró en el mercado turco en 2002 como empresa conjunta con Ülker con la marca Hero Baby. Ese mismo año, Hero adquirió una participación mayoritaria en Schwartau y se introdujo en el mercado suizo de alimentos para bebés al adquirir las marcas Adapta y Galactina de Wander. La empresa también se expandió a Europa del Este mediante la compra de la marca Sunar en la República Checa y Eslovaquia.

Después de los años 90, Hero se convierte en una empresa privada y sale de la bolsa en 2003. El negocio de nutrición de Semper se vende a Novartis. Triton adquiere Semper y el negocio se centra en la alimentación infantil y sin gluten. En mayo de 2004, Hero se establece en la República Checa y Eslovaquia con un equipo de 30 personas.

Hero adquirió Beech-Nut y Vitrac -creando el centro de Hero Oriente Medio y África- en 2005. Semper se incorporó al Grupo en 2006, en una operación que incluía a Juvela.

 La generación de conocimiento en el segmento de la nutrición infantil llevó a la creación del Instituto de Nutrición Infantil en las instalaciones de Alcantarilla y de un centro de innovación y calidad en Schwartau (Alemania) en 2006.

Hero adquiere la marca Friso (hoy Hero Baby) de Friesland Foods en 2007 y se expande a los mercados ruso y belga mediante un acuerdo de licencia con Blédina. Semper abre dos filiales en Noruega y Finlandia, seguidas de otra en Dinamarca dos años después.

Hero MEA introduce en Egipto la línea global de alimentos para bebés Hero Baby y rápidamente establece una gran cuota en el mercado la zona del mercado egipcio.

En 2008, Hero entró en el sector de la alimentación infantil ecológica en el Reino Unido mediante la adquisición de Organix. Ese año se constituyó Hero Rusia como organización, asumiendo las operaciones de distribución que habían comenzado a finales de los años 90. En 2009, se abrió una nueva planta de alimentos para bebés en Ankara, Turquía, como parte de la empresa conjunta entre Hero y Ülker.

Semper adquiere una fábrica de pan crujiente en Korsnäs y la convierte en una empresa de productos sin gluten en 2010, el mismo año en que Schwartau vende su departamento de panadería y decoración al grupo Dr. August Oetker de Bielefeld para centrarse en sus principales áreas de negocio.

El edificio de la nueva sede y fábrica del Grupo Hero en Lenzburg se terminó en 2011, justo a tiempo para el 125 aniversario de la empresa. Anteriormente, la empresa tenía sus instalaciones de producción y oficinas justo al lado de la estación de tren de Lenzburg.

En 2012, Kiviks Marknad (Hero Brasil) se trasladó a una nueva sede en Itatiba, y Schwartau terminó su una nueva fábrica de mermeladas. Cuando Hero España celebró su 90º aniversario en 2012, el holandés Rob Versloot fue nombrado director general del Grupo Hero. En la actualidad sigue ocupando este cargo.

En 2015, la JV entre Ülker y Hero finalizó con la adquisición por parte de Hero del 100% de las acciones y el establecimiento de su posición en el país. En diciembre, el Grupo Hero se asoció con Kiviks Marquand, que pasó a llamarse Hero Brasil.

Tras 10 años de ausencia, Hero Portugal relanzó la marca Hero Baby en 2015, al mismo tiempo que Hero España celebraba el 30th aniversario desde el lanzamiento de la misma marca.

Leopold Oetker, hijo del presidente de honor y principal accionista de Hero, el Dr. Arend Oetker, fue nombrado miembro del Consejo de Administración de Hero, reforzando aún más el compromiso de la familia con la empresa en 2016.

En 2018 se realiza una gran inversión, conocida como el Proyecto Triple One, en la planta de producción de preparados para lactantes de Götene (Suecia). Mientras tanto, Hero y la empresa alemana de alimentos ecológicos para bebés y niños pequeños erdbär GmbH establecen una asociación estratégica que permite al Grupo Hero entrar en el importante mercado alemán con productos de alimentación para bebés y niños, una de sus categorías principales.

El Dr. Hasso Kaempfe deja de ser presidente del Consejo de Administración del Grupo Hero en 2019. Su sucesor es Giovanni Ciserani, antiguo ejecutivo de P&G. Margaret Versteden, directora general de bol.com, también es nombrada miembro del consejo. Este es también un año de aniversario, con Semper celebrando 80 años desde su fundación y Schwartau marcando su 120th aniversario.

En 2020, Hero se asocia con el grupo italiano Angellini para formar la empresa de alimentación infantil MadreNatura, que entra en el mercado italiano de alimentos para bebés y niños pequeños. Tras un complejo y prolongado proceso, el Grupo Hero consigue la certificación para producir productos ecológicos para el mercado chino en sus instalaciones españolas.

A principios de 2021, el Grupo Hero adquirió una participación mayoritaria en la empresa canadiense de alimentación ecológica para bebés y niños pequeños Baby Gourmet. Un año después, Juvela, la empresa de gluten free del Grupo, con base en Reino Unido, fue vendida.