Três anos após a fusão (2000), a Semper Foods separou-se, deixando a Semper AB como uma filial independente da Arla.

Em poucos anos, a Hero adquiriu a popular marca portuguesa Casa de Mateus em 2001 e entrou no mercado turco em 2002 como uma empresa comum com a Ülker, com a marca Hero Baby. Nesse mesmo ano, a Hero adquiriu uma participação maioritária na Schwartau e entrou no mercado suíço de alimentos para bebés ao adquirir as marcas Adapta e Galactina da Wander. A empresa também se expandiu para a Europa Oriental através da compra da marca Sunar na República Checa e na Eslováquia.

Após 90 anos, a Hero torna-se privada e sai do mercado de acções em 2003. A actividade de nutrição da Semper é vendida à Novartis. A Triton adquire a Semper e o negócio centra-se nos alimentos para bebés e sem glúten. Em maio de 2004, a Hero estabeleceu uma presença na República Checa e na Eslováquia com uma equipa de 30 pessoas.

A Hero adquiriu a Beech-Nut e a Vitrac - estabelecendo o centro hero para o Médio Oriente e África - em 2005. A Semper juntou-se ao Grupo em 2006, num negócio que incluiu a Juvela.

A geração de conhecimento no segmento de nutrição infantil levou à criação do Instituto de Nutrição Infantil nas instalações de Alcantarilla e de um centro de inovação e qualidade em Schwartau, na Alemanha, em 2006.

A Hero adquire a marca Friso (actualmente Hero Baby) à Friesland Foods em 2007 e expande-se para os mercados russo e belga através de um acordo de licenciamento com a Blédina. A Semper abre duas filiais na Noruega e na Finlândia, seguidas de outra na Dinamarca dois anos mais tarde. A linha global de alimentos para bebés Hero Baby é introduzida no Egipto pela Hero MEA e rapidamente estabelece uma grande quota nos mercados egípcio e regional.

Em 2008, a Hero entrou no sector dos alimentos biológicos para bebés no Reino Unido através da aquisição da Organix. A Hero Russia foi formada como uma organização nesse ano, assumindo as operações de distribuição que tinham começado no final da década de 1990. Em 2009, foi aberta uma nova fábrica de alimentos para bebés em Ancara, Turquia, como parte da joint venture entre a Hero e a Ülker.

Uma fábrica de pão estaladiço é adquirida pela Semper em Korsnäs e transformada numa padaria sem glúten em 2010, o mesmo ano em que a Schwartau vendeu o seu departamento de panificação e decoração ao Grupo Dr. August Oetker em Bielefeld para se concentrar nas suas principais áreas de negócio.

A construção da nova sede e fábrica do Grupo Hero em Lenzburg foi concluída em 2011, mesmo a tempo do 125º aniversário da empresa. Anteriormente, a empresa tinha as suas instalações de produção e escritórios mesmo ao lado da estação de comboios de Lenzburg.

Em 2012, a Kiviks Marknad (Hero Brasil) mudou-se para uma nova sede em Itatiba, e uma nova fábrica de doces foi concluída pela Schwartau. Enquanto a Hero Spain celebrou o seu 90º aniversário em 2012, o holandês Rob Versloot foi nomeado CEO do Grupo Hero, mantendo esta posição atualmente.

Em 2015, a JV entre a Ülker e a Hero terminou com a Hero a adquirir 100% das acções e a estabelecer a sua posição no país. Em dezembro, o Grupo Hero entrou numa joint venture com a Kiviks Marknad, e o nome da empresa mudou para Hero Brazil.

Após uma ausência de 10 anos, a Hero Portugal relançou a marca Hero Baby em 2015, enquanto a Hero Espanha celebrou o 30º aniversário desde o lançamento da mesma marca.

Leopold Oetker, filho do Presidente Honorário da Hero e principal accionista, Dr. Arend Oetker, foi nomeado para o Conselho de Administração da Hero, reforçando ainda mais o compromisso da família para com a empresa em 2016.

Em 2018, é feito um grande investimento, conhecido como o Projecto Triple One, nas instalações de produção de fórmulas para lactentes em Götene, na Suécia. Entretanto, a Hero e a empresa alemã de alimentos orgânicos infantis erdbär GmbH estabelecem uma parceria estratégica, permitindo ao Grupo Hero entrar no importante mercado alemão com produtos alimentares infantis, uma das suas principais categorias.

O Dr. Hasso Kaempfe deixa o cargo de presidente do Conselho de Administração do Grupo Hero em 2019. O seu sucessor é Giovanni Ciserani, um antigo executivo da P&G. Margaret Versteden, CEO da bol.com, é também nomeada para o conselho de administração. Este é também um ano de aniversário, com a Semper a celebrar 80 anos desde a sua fundação e a Schwartau a assinalar o seu 120º aniversário.

Em 2020, a Hero estabeleceu uma parceria com o grupo italiano Angellini para formar a empresa de alimentos para bebés MadreNatura, que entra no mercado italiano de alimentos infantis. Após um processo complexo e prolongado, o Grupo Hero obtém a certificação para produzir produtos biológicos para o mercado chinês nas suas instalações em Espanha.

No início de 2021, o Grupo Hero adquiriu uma participação maioritária na empresa canadiana de alimentos biológicos infantis - Baby Gourmet. Um ano mais tarde, foi vendida a Juvela, a empresa sem glúten do Grupo sediada no Reino Unido.