Três anos após a fusão (2000), a Semper Foods se separou, deixando a Semper AB como uma subsidiária independente da Arla.

Em poucos anos, a Hero adquiriu a popular marca portuguesa premium Casa de Mateus em 2001 e entrou no mercado turco em 2002 como uma empresa de joint venture com a Ülker, com a marca Hero Baby. No mesmo ano, a Hero adquiriu uma participação majoritária na Schwartau e entrou no mercado suíço de alimentos para bebês ao adquirir as marcas Adapta e Galactina da Wander. A empresa também se expandiu para o Leste Europeu com a compra da marca registrada Sunar na República Tcheca e na Eslováquia.

Após 90 anos, a Hero se torna privada e sai do mercado de ações em 2003. O negócio de nutrição da Semper é vendido para a Novartis. A Triton adquire a Semper e o negócio se concentra em alimentos para bebês e sem glúten. Em maio de 2004, a Hero estabeleceu uma presença na República Tcheca e na Eslováquia com uma equipe de 30 pessoas.

A Hero adquiriu a Beech-Nut e a Vitrac, estabelecendo o centro da Hero no Oriente Médio e na África, em 2005. A Semper entrou para o Grupo em 2006, em um acordo que incluiu a Juvela.

A geração de conhecimento no segmento de nutrição infantil levou à criação do Instituto de Nutrição Infantil em Alcantarilla e de um centro de inovação e qualidade na Schwartau, Alemanha, em 2006.

A Hero adquire a marca Friso (hoje Hero Baby) da Friesland Foods em 2007 e se expande para os mercados russo e belga por meio de um acordo de licenciamento com a Blédina. A Semper abre duas subsidiárias na Noruega e na Finlândia, seguidas por outra na Dinamarca dois anos depois. A linha global de alimentos para bebês Hero Baby é introduzida no Egito pela Hero MEA e rapidamente estabelece uma grande participação nos mercados egípcio e regional.

Em 2008, a Hero entrou no setor de alimentos orgânicos para bebês no Reino Unido com a aquisição da Organix. A Hero Rússia foi formada como uma organização naquele ano, assumindo as operações de distribuição que haviam começado no final da década de 1990. Em 2009, uma nova fábrica de alimentos para bebês foi aberta em Ancara, na Turquia, como parte da joint venture entre a Hero e a Ülker.

Uma fábrica de pães crocantes é adquirida pela Semper em Korsnäs e transformada em uma padaria sem glúten em 2010, mesmo ano em que a Schwartau vendeu seu departamento de panificação e decoração para o Grupo Dr. August Oetker em Bielefeld, para se concentrar em suas principais áreas de negócios.

A construção da nova sede e fábrica do Grupo Hero em Lenzburg, foi concluída em 2011, bem a tempo para o aniversário de 125 anos da empresa. Anteriormente, a empresa tinha suas instalações de produção e escritórios ao lado da estação de trem de Lenzburg.

Em 2012, a Kiviks Marknad (Hero Brasil) mudou-se para uma nova sede em Itatiba, e uma nova fábrica de geleia foi concluída pela Schwartau. Quando a Hero Espanha comemorou seu aniversário de 90 anos em 2012, o holandês Rob Versloot foi nomeado CEO do Grupo Hero. Ele continua ocupando esse cargo até hoje.

Em 2015, a JV entre a Ülker e a Hero foi encerrada com a Hero adquirindo 100% das ações e estabelecendo sua posição no país. Em dezembro, o Grupo Hero entrou em uma joint venture com a Kiviks Marknad, e o nome da empresa mudou para Hero Brasil.

Após uma ausência de 10 anos, a Hero Portugal relançou a marca Hero Baby em 2015, ao mesmo tempo em que a Hero Espanha comemorou o 30º aniversário desde o lançamento da mesma marca.

Leopold Oetker, filho do Presidente Honorário da Hero e principal acionista, Dr. Arend Oetker, foi nomeado para o Conselho de Administração da Hero, reforçando ainda mais o compromisso da família com a empresa em 2016.

Um grande investimento, conhecido como Projeto Triple One, é feito na unidade de produção de fórmulas infantis em Götene, Suécia, em 2018. Enquanto isso, a Hero e a empresa alemã de alimentos orgânicos para bebês e crianças erdbär GmbH firmam uma parceria estratégica, permitindo que o Grupo Hero entre no importante mercado alemão com produtos alimentícios para bebês e crianças, uma de suas principais categorias.

O Dr. Hasso Kaempfe deixa o cargo de presidente do Conselho Administrativo do Grupo Hero em 2019. Seu sucessor é Giovanni Ciserani, ex-executivo da P&G. Margaret Versteden, CEO da bol.com, também foi nomeada para a diretoria. Este também é um ano de aniversário, com a Semper comemorando 80 anos desde sua fundação e a Schwartau marcando seu 120º aniversário.

Em 2020, o Hero fez uma parceria com o Grupo italiano Angellini para formar a empresa de alimentos para bebês MadreNatura, que entra no mercado italiano de alimentos para bebês e crianças. Após um processo complexo e demorado, o Grupo Hero obtém a certificação para produzir produtos orgânicos para o mercado chinês em suas instalações na Espanha.

No início de 2021, o Grupo Hero adquiriu uma participação majoritária na empresa canadense de alimentos orgânicos para bebês e crianças Baby Gourmet. Um ano depois, a Juvela, empresa sem glúten do Grupo, sediada no Reino Unido, foi vendida.