Tre år efter fusionen (2000) splittrades Semper Foods och Semper AB blev ett självständigt dotterbolag till Arla.

Under ett par hektiska år förvärvade Hero det populära portugisiska premiummärket Casa de Mateus 2001 och gick in på den turkiska marknaden 2002 som ett samriskföretag med Ülker med varumärket Hero Baby. Samma år förvärvade Hero en majoritetsandel i Schwartau och gick in på den schweiziska marknaden för barnmat genom att förvärva vanders varumärken Adapta och Galactina. Företaget expanderade också till Östeuropa genom att köpa varumärket Sunar i Tjeckien och Slovakien.

Efter 90 år blir Hero privat och lämnar aktiemarknaden 2003. Semper säljs till Novartis. Triton förvärvar Semper och verksamheten inriktas på barnmat och glutenfritt. I maj 2004 etablerade Hero ett fotfäste i Tjeckien och Slovakien med ett team på 30 personer.

Hero förvärvade Beech-Nut och Vitrac 2005 och bildade därmed Hero Middle East & Africa hub. Semper anslöt sig till koncernen 2006, vilket innebar att Juvela nu ingår i Heros varumärkessortiment.

Kunskapsuppbyggnaden inom segmentet för spädbarnsnäring ledde till att institutet för barnnäring skapades i Alcantarilla och ett innovations- och kvalitetscenter i Schwartau i Tyskland 2006.

Hero förvärvar varumärket Friso (idag Hero Baby) från Friesland Foods 2007 och expanderar till den ryska och belgiska marknaden genom ett licensavtal med Blédina. Semper öppnar två dotterbolag i Norge och Finland, följt av ytterligare ett i Danmark två år senare. Den globala barnmatsserien Hero Baby introduceras i Egypten av Hero MEA och etablerar snabbt en stor andel på den egyptiska och regionala marknaden.

2008 gick Hero in i den ekologiska barnmatssektorn i Storbritannien genom förvärvet av Organix. Hero Russia bildades som organisation samma år och tog över den distributionsverksamhet som hade inletts i slutet av 1990-talet. År 2009 öppnades en ny fabrik för barnmat i Ankara, Turkiet, som en del av samriskföretaget mellan Hero och Ülker.

Semper köper en knäckebrödsfabrik i Korsnäs och omvandlar den till ett glutenfritt knäckebrödsbageri 2010, samma år som Schwartau säljer sin bak- och dekorationsavdelning till Dr August Oetker-koncernen i Bielefeld för att fokusera på sina kärnverksamheter.

Hero Groups nya huvudkontor och fabrik i Lenzburg färdigställdes 2011, lagom till företagets 125-årsjubileum. Tidigare hade företaget sina produktionsanläggningar och kontor alldeles intill tågstationen i Lenzburg.

År 2012 flyttade Kiviks Marknad (Hero Brazil) till ett nytt huvudkontor i Itatiba, och Schwartau färdigställde en ny syltfabrik. När Hero Spain firade sitt 90: e årsjubileum 2012 utsågs den nederländske medborgaren Rob Versloot till koncernchef för Hero Group. Han innehar denna position än i dag.

2015 avslutades samriskföretaget mellan Ülker och Hero och Hero förvärvade 100 % av aktierna och etablerade sin ställning i landet. I december ingick Hero Group ett samriskföretag med Kiviks Marknad och företagets namn ändrades till Hero Brazil.

Efter tio års frånvaro återlanserade Hero Portugal varumärket Hero Baby 2015, samtidigt som Hero Spanien firade sin 30: e årsdag sedan varumärket lanserades.

Leopold Oetker, son till Hero's hedersordförande och huvudägare Dr Arend Oetker, utsågs till medlem av Hero's styrelse, vilket ytterligare stärkte familjens engagemang för företaget under 2016.

En stor investering, kallad Triple One-projektet, görs i produktionsanläggningen för modersmjölksersättning i Götene, Sverige, under 2018. Samtidigt ingår Hero och det tyska ekologiska baby- och småbarnsmatföretaget erdbär GmbH ett strategiskt partnerskap, vilket gör det möjligt för Hero Group att ta sig in på den viktiga tyska marknaden med barnsmatprodukter, en av dess kärnkategorier.

Dr Hasso Kaempfe avgår som ordförande för Hero Groups styrelse 2019. Hans efterträdare är Giovanni Ciserani, en tidigare chef för P&G. Margaret Versteden, CEO på bol.com, utses också till styrelseledamot. Detta är också ett jubileumsår, då Semper firar 80 år sedan grundandet och Schwartau firar sitt 120-årsjubileum.

År 2020 samarbetade Hero med den italienska Angellini Group för att bilda barnmatsföretaget MadreNatura, som är verksamt på den italienska marknaden för barn- och småbarnsmat. Efter en komplex och utdragen process uppnår Hero Group certifiering för att producera ekologiska produkter för den kinesiska marknaden i sin spanska anläggning.

I början av 2021 förvärvade Hero Group ett majoritetsaktieinnehav i det kanadensiska företaget Baby Gourmet, som tillverkar ekologisk barn- och småbarnsmat. Ett år senare såldes koncernens brittiska glutenfria företag Juvela.