Drei Jahre nach dem Zusammenschluss (2000) spaltete sich Semper Foods auf, so dass Semper AB eine unabhängige Tochtergesellschaft von Arla wurde.

In den folgenden Jahren erwarb Hero 2001 die beliebte portugiesische Premiummarke Casa de Mateus und trat 2002 als Joint-Venture-Unternehmen mit Ülker unter dem Markennamen Hero Baby in den türkischen Markt ein. Im selben Jahr erwarb Hero eine Mehrheitsbeteiligung an den Schwartauer Werken und trat durch den Erwerb der Marken Adapta und Galactina von Wander in den Schweizer Babynahrungsmarkt ein. Durch den Kauf der Marke Sunar in der Tschechischen Republik und der Slowakei expandierte das Unternehmen auch nach Osteuropa.

Nach 90 Jahren wird Hero privatisiert und verlässt 2003 den Aktienmarkt. Das Ernährungsgeschäft von Semper wird an Novartis verkauft. Triton erwirbt Semper und konzentriert das Geschäft auf Säuglingsnahrung und glutenfreie Produkte. Im Mai 2004 gründet Hero eine Niederlassung in der Tschechischen Republik und der Slowakei mit einem Team von 30 Mitarbeiter*innen.

Hero erwarb Beech-Nut und Vitrac im Jahr 2005 und gründete damit das Hero Middle East & Africa Hub. Semper kam 2006 zur Gruppe, wobei auch Juvela übernommen wurde.

 Der Aufbau von Wissen im Bereich der Säuglingsnahrung führte 2006 zur Gründung des Instituts für Kinderernährung in Alcantarilla und eines Innovations- und Qualitätszentrums in Schwartau in Deutschland.

Hero erwirbt 2007 die Marke Friso (heute Hero Baby) von Friesland Foods und expandiert durch eine Lizenzvereinbarung mit Blédina auf den russischen und belgischen Markt. Semper eröffnet zwei Tochtergesellschaften in Norwegen und Finnland, zwei Jahre später folgt eine weitere in Dänemark. Die globale Babynahrungslinie Hero Baby wird von Hero MEA in Ägypten eingeführt und erobert schnell einen großen Anteil am ägyptischen und regionalen Markt.

Im Jahr 2008 stieg Hero durch die Übernahme von Organix in den Sektor der Bio-Babynahrung im Vereinigten Königreich ein. Im selben Jahr wurde Hero Russland als Organisation gegründet und übernahm die Vertriebsaktivitäten, die in den späten 1990er Jahren begonnen hatten. 2009 wurde im Rahmen des Joint Ventures zwischen Hero und Ülker eine neue Babynahrungsfabrik in Ankara, Türkei, eröffnet.

Eine Knäckebrotfabrik wird von Semper in Korsnäs erworben und 2010 in eine glutenfreie Bäckerei umgewandelt. Im selben Jahr verkauft Schwartau seine Back- und Dekorationsabteilung an die Dr. August Oetker Gruppe in Bielefeld, um sich auf seine Kerngeschäftsfelder zu konzentrieren.

Der Neubau des Hauptsitzes und der Fabrik der Hero-Gruppe in Lenzburg wurde 2011, pünktlich zum 125-jährigen Firmenjubiläum, fertiggestellt. Zuvor hatte das Unternehmen seine Produktionsstätten und Büros direkt neben dem Bahnhof Lenzburg.

Im Jahr 2012 zog Kiviks Marknad (Hero Brasilien) in einen neuen Hauptsitz in Itatiba um, und eine neue Konfitürenfabrik wurde von den Schwartauer Werken fertiggestellt. Als Hero Spanien im Jahr 2012 sein 90-jähriges Jubiläum feierte, wurde der Niederländer Rob Versloot zum CEO der Hero-Gruppe ernannt. Diese Position hat er auch heute noch inne.

Im Jahr 2015 wurde das Joint Venture zwischen Ülker und Hero beendet, wobei Hero 100 % der Anteile erwarb und seine Position in dem Land festigte. Im Dezember ging die Hero-Gruppe ein Joint Venture mit Kiviks Marknad ein, der Firmenname wurde dann in Hero Brasilien geändert.

Nach 10-jähriger Abwesenheit führte Hero Portugal 2015 die Marke Hero Baby wieder ein, während Hero Spanien das 30-jährige Bestehen der Marke feierte.

Leopold Oetker, Sohn des Hero-Ehrenvorsitzenden und Hauptaktionärs Dr. Arend Oetker, wurde in den Hero-Verwaltungsrat berufen und hat damit das Engagement der Familie für das Unternehmen 2016 weiter verstärkt.

Eine große Investition, bekannt als das Triple One Projekt, wird 2018 in die Produktionsanlage für Säuglingsnahrung in Götene, Schweden, getätigt. In der Zwischenzeit gehen Hero und das deutsche Bio-Baby- und Kindernahrungsunternehmen erdbär GmbH eine strategische Partnerschaft ein, die es der Hero-Gruppe ermöglicht, mit Baby- und Kindernahrung, einer ihrer Kernkategorien, in den wichtigen deutschen Markt einzutreten.

Dr. Hasso Kaempfe tritt 2019 als Vorsitzender des Verwaltungsrats der Hero-Gruppe zurück. Sein Nachfolger ist Giovanni Ciserani, eine ehemalige Führungskraft von P&G. Margaret Versteden, CEO bei bol.com, wird ebenfalls in den Verwaltungsrat berufen. Dieses Jahr ist auch ein Jubiläumsjahr: Semper feiert sein 80-jähriges Bestehen und Schwartau sein 120-jähriges Bestehen.

2020 geht Hero eine Partnerschaft mit der italienischen Angellini-Gruppe ein und gründet das Babynahrungsunternehmen MadreNatura, das in den italienischen Markt für Baby- und Kindernahrung eintritt. Nach einem komplexen und langwierigen Prozess erhält die Hero-Gruppe die Zertifizierung für die Herstellung von Bio-Produkten für den chinesischen Markt in ihrem spanischen Werk.

Anfang 2021 erwarb die Hero-Gruppe eine Mehrheitsbeteiligung an dem kanadischen Bio-Baby- und Kindernahrungsunternehmen Baby Gourmet.