Tre anni dopo la fusione (2000), Semper Foods si è separata, lasciando Semper AB come filiale indipendente di Arla.

In pochi anni, Hero ha acquisito il popolare marchio premium portoghese Casa de Mateus nel 2001 ed è entrata nel mercato turco nel 2002 come joint venture con Ülker con il marchio Hero Baby. Nello stesso anno, Hero ha acquisito una partecipazione di maggioranza in Schwartau ed è entrata nel mercato svizzero degli alimenti per l'infanzia acquisendo i marchi Adapta e Galactina di Wander. L'azienda si è inoltre espansa nell'Europa orientale acquistando il marchio Sunar nella Repubblica Ceca e in Slovacchia.

Dopo 90 anni, Hero diventa privata ed esce dal mercato azionario nel 2003. L'attività di nutrizione Semper viene venduta a Novartis. Triton acquisisce Semper e l'attività si concentra sugli alimenti per l'infanzia e sul senza glutine. Nel maggio 2004, Hero stabilisce una presenza nella Repubblica Ceca e in Slovacchia con un team di 30 persone.

Nel 2005 Hero ha acquisito Beech-Nut e Vitrac, creando il polo Hero Middle East & Africa. Semper è entrata a far parte del Gruppo nel 2006, in un accordo che comprendeva anche Juvela.

La generazione di conoscenze nel segmento della nutrizione infantile ha portato alla creazione dell'Istituto di Nutrizione Infantile presso la sede di Alcantarilla e di un centro di innovazione e qualità a Schwartau in Germania nel 2006.

Nel 2007 Hero acquisisce il marchio Friso (oggi Hero Baby) da Friesland Foods e si espande nei mercati russo e belga attraverso un accordo di licenza con Blédina. Semper apre due filiali in Norvegia e Finlandia, seguite da un'altra in Danimarca due anni dopo. La linea globale di alimenti per l'infanzia Hero Baby viene introdotta in Egitto da Hero MEA e conquista rapidamente un'ampia quota del mercato egiziano e regionale.

Nel 2008, Hero è entrata nel settore degli alimenti biologici per l'infanzia nel Regno Unito attraverso l'acquisizione di Organix. Nello stesso anno è stata costituita Hero Russia, che ha rilevato le operazioni di distribuzione iniziate alla fine degli anni Novanta. Nel 2009 è stato aperto un nuovo stabilimento di alimenti per l'infanzia ad Ankara, in Turchia, nell'ambito della joint venture tra Hero e Ülker.

Una fabbrica di pane croccante viene acquisita da Semper a Korsnäs e trasformata in un panificio senza glutine nel 2010, lo stesso anno in cui Schwartau vende il suo reparto di panificazione e decorazione al Gruppo Dr August Oetker di Bielefeld per concentrarsi sulle sue aree di attività principali.

La costruzione della nuova sede e dello stabilimento del Gruppo Hero a Lenzburg è stata completata nel 2011, in tempo per il 125° anniversario dell'aziendath . In precedenza, l'azienda aveva i suoi impianti di produzione e i suoi uffici proprio accanto alla stazione ferroviaria di Lenzburg.

Nel 2012, Kiviks Marknad (Hero Brazil) si è trasferita in una nuova sede a Itatiba e Schwartau ha completato una nuova fabbrica di marmellata. Nel 2012, quando Hero Spain ha celebrato il suo 90°th anniversario, Rob Versloot, cittadino olandese, è stato nominato CEO del Gruppo Hero. Ancora oggi ricopre questa posizione.

Nel 2015, la joint venture tra Ülker e Hero si è conclusa con l'acquisizione da parte di Hero del 100% delle azioni e l'affermazione della sua posizione nel Paese. A dicembre, il Gruppo Hero ha stipulato una joint venture con Kiviks Marknad e il nome della società è cambiato in Hero Brazil.

Dopo 10 anni di assenza, Hero Portugal ha rilanciato il marchio Hero Baby nel 2015, nello stesso momento in cui Hero Spain ha celebrato il 30th anniversario dal lancio dello stesso marchio.

Nel 2016 Leopold Oetker, figlio del Presidente Onorario di Hero e principale azionista Dr Arend Oetker, è stato nominato nel Consiglio di Amministrazione di Hero, rafforzando ulteriormente l'impegno della famiglia nei confronti dell'azienda.

Nel 2018 viene effettuato un grande investimento, noto come Progetto Triple One, nello stabilimento di produzione di latte artificiale di Götene, in Svezia. Nel frattempo, Hero e l'azienda tedesca di alimenti biologici per bambini e neonati erdbär GmbH stringono una partnership strategica che consente al Gruppo Hero di entrare nell'importante mercato tedesco con prodotti alimentari per bambini e neonati, una delle sue categorie principali.

Il dottor Hasso Kaempfe lascia la carica di presidente del Consiglio di Amministrazione del Gruppo Hero nel 2019. Il suo successore è Giovanni Ciserani, ex dirigente di P&G. Anche Margaret Versteden, CEO di bol.com, è stata nominata nel Consiglio di amministrazione. Questo è anche un anno di anniversari: Semper festeggia 80 anni dalla sua fondazione e Schwartau segna il suo 120° anniversarioth .

Nel 2020, Hero si allea con il Gruppo italiano Angelini per formare l'azienda di alimenti per l'infanzia MadreNatura, che entra nel mercato italiano degli alimenti per bambini e ragazzi. Dopo un processo complesso e prolungato, il Gruppo Hero ottiene la certificazione per produrre prodotti biologici per il mercato cinese nel suo stabilimento spagnolo.

All'inizio del 2021, il Gruppo Hero ha acquisito una partecipazione di maggioranza nell'azienda canadese di alimenti biologici per bambini e ragazzi Baby Gourmet. Un anno dopo è stata venduta Juvela, l'azienda britannica di alimenti senza glutine del Gruppo.